Em março de 2002, Paulo André voltou para o estado de São Paulo, desta vez para atuar no Águas de Lindóia Esporte Clube (Águas de Lindóia, SP). Lá, foi campeão paulista de juniores da Série A-2 e teve sua primeira chance como profissional, ajudando o clube a subir da quinta para a quarta divisão estadual. Em janeiro de 2003, transferiu-se para os juniores do Guarani Futebol Clube (Campinas, SP), onde foi promovido aos profissionais. Em julho de 2004, sofreu com uma contusão no púbis, que o deixou afastado por seis meses.
Em março de 2005, Paulo André foi transferido para o Clube Atlético Paranaense (Curitiba, Paraná) onde recebeu o título de Melhor Zagueiro do Estado, pela Federação Paranaense de Futebol, e, em 2006, foi consagrado como um dos cinco melhores zagueiros do Brasil, pela Revista Placar.
Aos 22 anos, em junho de 2006, o atleta firmou contrato de quatro anos e meio com o Le Mans Football Club (Le Mans, França), onde participou por três anos dos campeonatos: Francês, Copa da França e Copa da Liga. Em julho de 2009, Paulo André foi apresentado como nova contratação do Sport Clube Corinthians (São Paulo, SP), em um empréstimo que iria até agosto de 2010. Mesmo atuando como reserva, o zagueiro destacou-se nas jogadas aéreas, marcou três gols, e teve seus direitos econômicos comprados pelo time paulista, firmando novo contrato que vai até julho de 2012.
